A republikánus párti politikus arra hivatkozott, hogy James Comey, a Szövetségi Nyomozó Iroda (FBI) igazgatója Hillary Clinton volt demokrata párti elnökjelölt elektronikus levelezésének vizsgálatát követően úgy nyilatkozott a sajtónak: Clinton levelezését illetően nem találtak közvetlen bizonyítékot külföldi titkosszolgálatok esetleges beavatkozására vagy sikeres számítógépes támadására, igaz, a választási rendszer számítógépein volt jele behatolási kísérletnek.
Bolton hangsúlyozta: „kívülről figyelve a dolgokat, nem teljesen világos számomra, hogy a Demokrata Országos Bizottság és a Republikánus Országos Bizottság elleni számítógépes támadásokról szóló információk nem csupán félrevezetésül szolgálnak-e, amelyekért valószínűleg maga az Obama-kormányzat a felelős”. Majd Comey FBI-igazgató érvelésében logikai ellentmondást vélve felfedezni Bolton azt mondta: „fel kell tenni a kérdést, hogy vajon az oroszok az okos titkosszolgálatukat miért Hillary Clinton szervere ellen vetették be, a buta titkosszolgálatukat pedig a választást lebonyolító számítógépes rendszer ellen”.
Arra az újságírói felvetésre, hogy gyanakszik-e valakire a kormányzatból vagy a hírszerzői közösségből, aki szerinte ezekért az állítólagosan hamis információkért felelős, Bolton azt válaszolta, hogy konkrétan senkit, de hozzátette: „azt hiszem, az Obama-kormányzat idején a hírszerző szervezeteket jelentősen átpolitizálták”.