A bíróság az orosz médiafelügyelet, a Roszkomnadzor adminisztratív keresete alapján hozta meg ítéletét, amely kifogásolta, hogy két nem kormányzati szervezet – a Grazsdanszkoje Szogyejsztvie (Polgári Segítségnyújtás) és a Gumanyitarnoje Gyejsztvije (Humanitárius Cselekvés) – esetében a hírportál nem tüntette fel, hogy külföldi ügynöknek minősítették őket. A szerkesztőség jogi képviselője közölte, hogy a vétséghez képest aránytalanul szigorú ítélet született, és kilátásba helyezte a fellebbezést.
Egy moszkvai bíróság szeptember 5-én a Novaja Gazeta nyomtatott változatának bejegyzési bizonyítványát vonta vissza, amivel gyakorlatilag betiltotta a működését. A Roszkomnadzor abban az esetben azt kifogásolta, hogy nem nyújtották be hozzá a lap működési alapszabályát a 2006-os tulajdonosváltás után. A Novaja Gazeta jogi képviselője szerint ennek alapján nem lehetne visszavonni a lap bejegyzési bizonyítványát.
Dmitrij Muratov, a lap Nobel-békedíjas főszerkesztője az ítéletet akkor „politikai gyilkosságnak” nevezte, amelyet szerinte a „legcsekélyebb jogalap nélkül” követtek el. Bejelentette, hogy a lap fellebbezni fog. A Novaja Gazeta szerkesztősége közleményt adott ki, amely szerint a moszkvai Baszmannij kerület bírósága, amelyhez a politikai ügyek egy jó része kerül, „megölte az újságot, 30 évet rabolt el újságírói életéből, és megfosztotta az olvasókat a tájékozódáshoz való joguktól”.
A Novaja Gazetát 1993-ban alapították, részben az augusztus végén elhunyt Mihail Gorbacsov néhai szovjet elnök-pártfőtitkár Nobel-békedíjából. A lap, amelynek három évtized alatt hét újságíróját gyilkolták meg, vezető tényfeltáró médium maradt az orosz sajtószabadság fokozatos visszaszorítása közepette is. Március 28-án a lap felfüggesztette működését Oroszországban, miután a Roszkomnadzor kétszer is írásban figyelmeztette, hogy honlapján olyan anyag jelent meg, amely az előírt megjelölés nélkül tett említést egy „olyan szervezetről, amely szerepel a külföldi ügynöki feladatokat ellátó nonprofit szervezetek nyilvántartásában”. Több munkatársa Rigában létrehozott egy online kiadást Novaja Gazeta Jevropa címen, amelynek oroszországi elérhetőségét azonban blokkolták, mások Novaja Rasszkaz-gazeta (Új Elbeszélés-újság) címen próbáltak meg megjelenni Oroszországban, de a főügyészség követelésére ezt is meggátolták. Muratov Moszkvában maradt, és szeptember elején ő vezette barátja és mecénása, Gorbacsov temetési menetét.