Az adatok megőrzési ideje 25 év, de az érintett halálát követően még öt évig megőrik azokat
Az EESZT másik része az egészségügyi profilokat tartalmazza. A profil az érintett egészségi állapotával, kórelőzményével, valamint az egyes beavatkozásokkal kapcsolatos adatokból áll. Ezeket a kezelő-, illetve a háziorvos tölti fel. Az érintett azonban jogosult megtiltani, hogy ezeket az adatait a kezelőorvosa vagy a háziorvosa rögzítse. Az EESZT harmadik része az egészségügyi dokumentáció nyilvántartása. A szolgáltatók ide küldik meg az egészségügyi ellátás során keletkezett következő dokumentumokat: a fekvőbeteg-szakellátásban kiállított zárójelentést, a járóbeteg-szakellátásban kiállított ambuláns lapot, a szövettani és patológiai leleteket, a laborleleteket, a képalkotó diagnosztikai ellátások leleteit, továbbá a műtéti leírásokat. A képalkotó diagnosztikai eljárással készített felvételek bárhonnan hozzáférhetők elektronikusan. Az EESZT lehetővé teszi elektronikus konzílium lefolytatását is.