A Honor 6 esetében a gyártó nagy pontosságú hővezetési szimulációkat használt fel arra, hogy a tipikus használati helyzetekben megbecsülje a hőmérséklet várható emelkedését. A Honor mérnökei elemezték a különböző borítások hővezetési képességét is, ez utóbbinak köszönhető, hogy a készülék végül részben alumíniumötvözetből készült. A karcsúság és az ellenállás érdekében a legtöbb okostelefon gyártása során ugyanis rozsdamentes acélt vagy magnéziumötvözetet használnak az előlap megerősítésére. Ezekhez képest azonban az alumíniumötvözetnek több mint hétszeres, illetve kétszeres a hőelvezetési képessége.
A Honor 6 belsejében emellett hővezető zselét használnak a chipek borítására, ami átlagosan 10 fokkal képes csökkenteni a lapkakészlet hőmérsékletét, és 7 milliamperrel a teljes rendszer fogyasztását. Ezzel jobban kihasználható a chipek teljesítménye, és kezelhető a melegedési problémák jelentős része. Mivel a telefonok oldalsó része az a terület, ahol a legtöbbször megfogjuk a készülékeket, a Honor egy szabadalmaztatott hűtési dizájnt alkalmazott a Honor 6 oldalán is, melyet „cooling design”-nak nevezett el. Az alkalmazott megoldásoknak köszönhetően a gyártó mérései és hőtérképei szerint a konkurens csúcsmodellekhez képest a Honor 6-nak emelkedik a legkevésbé a hőmérséklete videónézés és játék közben — áll a gyártó közleményében.